Saga do Santuário
Após a batalha com Poseidon, os cavaleiros estão no Santuário, quando a casa de Áries é invadida por guerreiros de Hades. Porém os chefes do bando são bem conhecidos: Shura, Camus e Saga. Eles informam que sua missão é matar Athena em 12 horas. Agora esses cavaleiros seguem Hades. Os cavaleiros de ouro precisam agir. O relógio de fogo se acende mais uma vez.
Seiya aparece na primeira casa zodiacal, mas Mu o impede de lutar: essa é a missão dos cavaleiros de ouro, que mais do que nunca, agora devem mostrar seu valor. A batalha derradeira se aproxima. Mu lutará pela primeira vez, quando reconhece um dos espectros: seu mestre, Shion, antigo mestre do Santuário. Nesse momento suge o Mestre Ancião, que junta seu poder e adquire sua forma jovial: Dohko, como há 261 anos atrás, quando ele e Shion derrotaram Hades.
Shion segura seu pupilo e os cavaleiros de ouro negros seguem em frente. No castelo de Hades, Radamanthys observa todos os movimentos. Na casa de Touro, Aldebaran está morto. Mu encontra Niobe e trava com ele uma batalha fantástica e sai vencedor. Na casa de Gêmeos, direto da sala do Mestre, Kanon, controla a armadura. Saga se confronta com Gêmeos. Na sala do mestre, Millo ataca Kanon, que mesmo a beira da morte, jura ser fiel a Athena. Millo salva Kanon: era a prova de um verdadeiro cavaleiro.
Na casa de Câncer, Shaka tenta deter os Espectros com uma ilusão, mas eles avançam.Porém Shaka não permite isso e extermina os três cavaleiros de ouro. Na casa de Câncer, Mu enfrenta Papillon e o vence. Na casa de Leão, Aiolia derrota a maior parte dos espectros, mas desconfiado deixa alguns deles passarem.. Na casa de Virgem, os três espectros são desmascarados: são Saga, Shura e Camus. Saga está sedento para completar a missão e decide acabar com Shaka usando a técnica proibida, o sopro de Athena. Esse golpe destrói tudo a sua volta, mas Shaka continua vivo. Shaka tira os sentidos dos cavaleiros negros e depois enfeita seu túmulo para sua própria morte.Aiolia, Mu e Millo chegam a casa de Virgem e juntos executam o sopro de Athena que colide diretamente com o sopro de Athena de Camus, Saga e Shura.
O seis cavaleiros estão vivos e com o caminho livre, se dirigem para a Sala do Mestre. Lá eles encontram Athena, que mostra a Saga a adaga com que ele tentou matá-la a 13 anos atrás. E com essa faca, Athena se mata: a missão dos cavaleiros de ouro negros está cumprida e voltam para o Castelo de Hades. O sangue puro da deusa revive a armadura de Athena e Kanon diz que Athena fez isso de propósito, assim como Shaka, para irem ao mundo de Hades.
Kanon diz que os cavaleiros devem ir para lá e assim Seiya, Shiryu, Hyoga e Shun banham suas armaduras no sangue de Athena e suas armaduras atingem o nível mais elevado. Para chegarem ao mundo de Hades, os cavaleiros precisam do 8º sentido, estágio máximo de um cavaleiro e assim chegam ao mundo de Hades. Hades faz um eclipse que cobrirá a Terra e a embeberá na escuridão por toda a eternidade, por isso Athena foi ao mundo de Hades.
Saga do Inferno
Divididos, os cavaleiros passam por várias prisões, 8 no total. Os cavaleiros passam por elas até que Shun é visto por um dos Espectros que o reconhece. Shun é conduzido ao templo de Hades e lá é recebido por Pandora: Shun é Hades, que escolheu seu corpo puro para reencarnar. Na verdade Shun era irmão de Pandora e agora encarnará o rei Hades. Shun sofre uma transformação: agora é Hades. Depois de derrotar todos os espectros, Lune, Orphee, Gorgon, Sphinx, Golem, Phlegyas, Garuda, Valentine, estão mortos. Restam apenas Radamanthys, Minos e Aiacos, os três Kyotos, os mais poderosos guerreiros de Hades.Ikki derrota Aiacos, Kanon se sacrifica para vencer Radamanthys. Shun resiste a Hades e pede para Ikki matá-lo. Ikki executa a tarefa, mas pára no último instante e Hades sobrevive, mas Shun resiste contra ele e consegue expulsá-lo. O espírito de Hades vai até Elysios, local onde Athena será sacrificada.
Saga dos Elíseos
Os cavaleiros precisam seguí-lo, mas há um muro que divide os dois mundos. Os 12 cavaleiros de ouro revivem e aparecem e se reúnem com suas armaduras: formam um círculo e geram um golpe que destói seus corpos , matando-os para sempre e destruindo o muro. Minos morre ao tentar atravessar o muro. Com o auxílio das armaduras banhadas pelo sangue de Athena os 4 cavaleiros chegam a Elíseo. Thanatos e Hypnos são os dois deuses que guardam o lugar.Os seus poderes se aproximam de Hades e facilmente eles acabam com os cavaleiros. Poseidon conduz as armaduras de ouro para Elíseos e mesmo assim elas são destruídas por Thanatos e Hypnos.
Então cada cavaleiro recebe, inclusive Ikki, que foi salvo por Pandora e conduzido para Elíseos as armaduras dos deuses: as armadura que apenas um deus tem a honra de vestir. Com essa armadura e o apoio de Seika, que está no Santuário, Seiya derrota Thanatos. Os cavaleiros derrotam Hypnos. Seiya chega ao templo de Hades e com a ajuda de seus amigos consegue tirar Athena da ânfora. Hades recobra seu verdadeiro corpo que estava em Elíseos e Athena, com sua armadura se prepara para o Confronto Final. Os cavaleiros usam todos seus poderes para defender Athena, que diz a Hades que isso é obra do amor, que o mais poderoso que qualquer deus.
Hades arremessa sua espada contra Athena, mas Seiya a salva, morrendo por ela: é o amor de Seiya por Saori. Shun, Ikki, Hyoga e Shiryu unem-se a Athena que dispara seu cetro contra Hades e o mata. Finalmente os cavaleiros venceram Hades. O grande eclipse acaba e o mundo desfuta da paz. O Inferno e Elíseos se destroem, matando Athena e seus corajosos Cavaleiros, que serão conduzidos para o mundo da Luz, recebendo as glórias eternas da vitória.